針對消毒對象，選用合適的消毒方法。盡量防止和減少消毒過程對物品的損害。
一、根據物品污染后的危害程度選擇消毒，滅菌方法
1、凡是高度危險的物品，必須選取（滅菌劑或滅菌器）滅菌，務使其滅菌指數達到10-6。
2、凡中度危險性物品，可選用中效消毒法或高效消毒法，要求滅菌指數達到90%以上，即對實驗微生物的殺滅率達到99.9%，對自然污染的微生物殺滅率應達到90%以上，但中度危險性物品的消毒要求有一定的區別，例如內鏡，體溫表等，必須達到嚴格消毒。
3、凡低度危險性物品，一般可用低效消毒法，或清潔處理即可。如，當傳染病病原體污染時，必須針對被污染微生物的種類選用有效的消毒方法。
二、根據物品污染微生物的種類和數量選取消毒，滅菌方法和使用劑量
1、對受到致病性芽孢菌和真菌孢子污染的物品，選用高效消毒法
2、對受到致病性細菌和繁殖體，病毒，螺旋體，支原體，衣原體污染的物品，選用中效以上消毒法。
3、對受到一般細菌和親脂病毒污染的物品，可選用中效或低效消毒法。
4、殺滅被有機物保護的微生物時，應加大消毒因子的使用劑量。
5、消毒物品上微生物污染特別嚴重時，應加大處理劑量和延長消毒時間。
三、根據消毒物品的性質選擇消毒方法：
選擇消毒方法時要考慮：
一、消毒物品不受損壞，
二、是使消毒方法易于發揮作用。
1、耐高溫，耐濕物品和器材，應**壓力蒸汽滅菌或干熱滅菌
2、怕熱，忌濕物品，應選取甲醛或環氧乙烷氣體消毒，滅菌
3、器械的浸泡滅菌，應選擇對金屬腐蝕性小的化學劑。
4、選擇表面消毒方法，應考慮表面性質：
光滑表面應選取紫外線消毒器近距離照射，或液體消毒劑擦拭。多孔材料表面應采用噴霧消毒。
